复旦大学古籍整理研究所成立于1983年，是教育部首批批准设立并直拨编制的古籍整理研究机构之一，也是教育部全国高等院校古籍整理研究工作委员会直接联系的高校古籍所之一。已故复旦大学杰出教授章培恒先生为创所所长。现任古籍所所长为陈广宏教授，副所长为郑利华教授。

古籍所成立之初，以承担古委会重点项目《全明诗》的编纂为工作重心，开展古籍整理与研究，培养科研和教学的相关人才，并在此基础上，通过开展对明代文献的较为系统的整理与研究，进而探讨明代社会、文学、哲学的发展进程及其特点，先后设立了明代古籍整理研究室，目录、版本、校勘学研究室和哲学古籍整理研究室。在此过程中，蒋天枢、顾廷龙、吕贞白、徐鹏、陆树仑、吴杰、潘富恩等老一辈著名学者曾担任所专（兼）职教授，对古籍所的创立和发展给予了悉心关怀和指导。

经过几十年的努力，尤其是在章培恒先生的全力带领指导下，古籍所无论在学科方向还是学术队伍的建设上，都有了长足的拓进，确立了以古今贯通研究这一新的学术理念为主导、以文献实证为基础，古典研究诸学科彼此交叉、相辅相成的科研与教学格局。现有四个博士点和四个硕士点，分别为中国古代文学、中国文学古今演变、中国古典文献学以及汉语言文字学，另有与哲学学院共建的逻辑学（因明学）专业。

其中中国古代文学与中文系同学科共为国家重点学科，设有上古文学（先秦）、中世文学I（汉魏-南北朝）、中世文学II（唐宋）、近世文学（元明清）等研究方向；中国文学古今演变于2005年被教育部正式批准为二级学科自设博士点，是章培恒先生生前倡设的新兴交叉学科，为目前全国高校中唯一的一个专业，设有十三至二十世纪中国文学整合研究、中国文学古今贯通研究、中国文学古今演变的地域性研究等研究方向；中国古典文献学为复旦大学特色学科，设有版本目录学、古籍校释学、文学文献学、美术文献与美术史、古籍整理与研究、海外汉籍收藏与研究等研究方向；汉语言文字学与中文系同学科共为国家重点学科，设有汉语史研究方向。

目前有专职研究人员12人，其中教授9人，副教授2人，讲师1人；兼职教授6人，兼职研究员1人。已培养硕博士研究生三百余名，包括数十名日、韩、美等硕博生和高级进修生，现有在读硕博士研究生百余名（包括留学生、高级进修生）。